潜意识是精神分析理论最主要的概念，虽然弗洛伊德并未“发现”潜意识（Ellenberger 1970），但是他却是第一位以系统的方式探索潜意识在病态心智与正常心智中运作的人。当代精神分析从四种不同角度理解潜意织。
1、“潜意识”作为“物自身”(thing in itself)
弗洛伊德最初视潜意识为一种“心灵的器官”(mental apparatus)(Laplanche 1989)。它是康德哲学(Kantian)笔下的一种“物自身”( entity)，是无法被直接暸解的，但却可被断然地解释为一种非理性的心智现象，如梦、神经质症状及语误等。他认为一些无法被接受的记忆、幻想、渴望、思想、意见及与痛苦事件有关的情绪，皆经由潜抑被推回潜意识里。弗洛伊德在一篇未出版的报告《方案》(Project)中，企图根据精神能量或原欲的流动、其束缚感、及能量释放的原理，从神经生理学角度解释潜意识（译注：《方案》一书原名为“Project for a Scientific Psychology”，简称为"Scientific project" 或Project")。虽然“水力学”模式已经被其他观点所取代，但当代神经心理学家却证实借由下意识的知觉(subliminal perception)及“前意识历程”(preconcious processing)心智生活的某些面向可以在意识之外存活下来。(Dixon & Henley 1991)。
2、潜意识是潜意识意义的储藏室
当代精神分析渐渐远离弗洛伊德早期所提出的机制，而较看中意义时，“潜意识”渐渐被视为患者未觉察的“情绪意义”的隐喻，透过与分析师的关系，方能再现。在此定义下，“潜意识”不再是名词而是形容词：它是一种“潜意识历程”(unconscious processes)而非“一个潜意识”（The unconscious)。这种转变使精神分析也赶上了“后现代”的潮流，亦即任何文化现象下的“多元化”或“多元意义”。在此理解下，精神分析师不再是心智器官的解剖学家，而是探索心智潜在意义的心理学家。
3、潜意识的奥秘
荣格（Jung 1943）强调的是潜意识中比较不容易被接触的“准-奥秘”(quasi-mystic)，他对人类经验中的宗教及灵修层面更有兴趣，并提出集体潜意识的概念。荣格认为集体潜意识是天生的，也是人类的一种普遍现象，它所存在的心智层次比弗洛伊德所描述的个人潜意识更深。荣格发现存在于世界各地及不同时代中的宗教及文化，皆有其共通的信仰、象征与神秘性，因而提出了集体潜意识的观点。
4、过去的潜意识及当前的潜意识
Sandler和Sandler(1984)籍由其临床经验有效地区分了“过去的潜意织”及“当前的潜意识”。过去潜意织是成人的“内在小孩”以未经修饰的形式，继续影响成人的渴望与需求，就像小时候的他仍然存在成人世界中控制着成人的行为。“当前的潜意识”与“前意识”极类似。它借由防卫机制修饰了过去的潜意识，使之能借由“现在潜意识”表达出来。Sandler认为在治疗时治疗师必须先处理“当前的潜意识”，再处理过去潜意识，也就是先将治疗重点放在患者和治疗师之间此时此刻的关系。之后再重新建构患者过去的创伤。
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